La cova de Can Rata deu el seu nom a una antiga casa amb aquest nom de la qual tan sols queden unes poques pedres d'una paret, visibles en la pista a Can Bosc.

La cova ha estat aprofitada de temps llunyans, probablement per a guardar bestiar, com ho demostren els murs de pedra seca que tanquen l'entrada i les parets fumades. Se sap que entre les dècades de 1940 i 1950 una noia de Tortellà, de nom Adela, hi va viure de jove. Diuen que cuidava el ramat i la cova li feia de casa.

Des del punt de vista espeleològic, la primera referència escrita la trobem al llibre 'Santa Maria del Mont. Notícia històrica d'aquest santuari', publicat el 1931 i del que és autor Pere Vayreda Olivas (1877-1944). El llibre finalitza amb uns apèndixs el primer del qual es titula 'Balmes i habitacions humanes primitives que hi ha esparses per la muntanya'. Sense pretendre-ho, Pere Vayreda havia publicat el primer catàleg espeleològic de l'Alta Garrotxa, en el que s'esmenten 21 cavitats situades a les muntanyes que envolten el santuari del Mont. Entre elles la Cova de Can Rata i la Balma d'en Birol, encara que desconeixia la localització.

Com a conseqüència d'aquest catàleg, en Francesc Miret esmenta la cova de Can Rata al llibre 'Coves de l'Alta Garrotxa' (1999), del que és coautor juntament amb Martí García. Les mateixes dades son reproduïdes al 'Catàleg Espeleològic de Catalunya', Vol-3 any 2009, de Jordi de Valles. En ambdós casos es limiten a deixar constància de l'existència d'aquesta cavitat, sense afegir cap altra dada a les aportades per Pere Vayreda.