La cova de Can Rata doit son nom à une ancienne maison portant ce nom dont il ne reste que quelques pierres d'un mur, visibles sur la piste de Can Bosc.

La grotte a été utilisée depuis des temps lointains, probablement pour garder le bétail, comme le démontrent les murs de pierre sèche qui ferment l'entrée et les parois enfumées. On sait qu'entre les décennies de 1940 et 1950, une jeune fille de Tortellà, du nom d'Adela, y a vécu dans sa jeunesse. On dit qu'elle gardait le troupeau et que la grotte lui servait de maison.

Du point de vue spéléologique, la première référence écrite se trouve dans le livre 'Santa Maria del Mont. Notícia històrica d'aquest santuari', publié en 1931 et dont l'auteur est Pere Vayreda Olivas (1877-1944). Le livre se termine par des appendices dont le premier est intitulé 'Balmes i habitacions humanes primitives que hi ha esparses per la muntanya'. Sans le vouloir, Pere Vayreda avait publié le premier catalogue spéléologique de l'Alta Garrotxa, dans lequel sont mentionnées 21 cavités situées dans les montagnes qui entourent le sanctuaire du Mont. Parmi elles la Cova de Can Rata et la Balma d'en Birol, bien qu'il en ignorât la localisation.

À la suite de ce catalogue, Francesc Miret mentionne la cova de Can Rata dans le livre 'Coves de l'Alta Garrotxa' (1999), dont il est coauteur avec Martí García. Les mêmes données sont reproduites dans le 'Catàleg Espeleològic de Catalunya', Vol-3 année 2009, de Jordi de Valles. Dans les deux cas, ils se limitent à constater l'existence de cette cavité, sans ajouter aucune autre donnée à celles apportées par Pere Vayreda.