La cova de Can Rata debe su nombre a una antigua casa con este nombre de la que tan solo quedan unas pocas piedras de una pared, visibles en la pista a Can Bosc.

La cueva ha sido aprovechada desde tiempos lejanos, probablemente para guardar ganado, como lo demuestran los muros de piedra seca que cierran la entrada y las paredes ahumadas. Se sabe que entre las décadas de 1940 y 1950 una chica de Tortellà, de nombre Adela, vivió allí de joven. Dicen que cuidaba el rebaño y la cueva le hacía de casa.

Desde el punto de vista espeleológico, la primera referencia escrita la encontramos en el libro 'Santa Maria del Mont. Notícia històrica d'aquest santuari', publicado en 1931 y del que es autor Pere Vayreda Olivas (1877-1944). El libro finaliza con unos apéndices el primero de los cuales se titula 'Balmes i habitacions humanes primitives que hi ha esparses per la muntanya'. Sin pretenderlo, Pere Vayreda había publicado el primer catálogo espeleológico de la Alta Garrotxa, en el que se mencionan 21 cavidades situadas en las montañas que rodean el santuario del Mont. Entre ellas la Cova de Can Rata y la Balma d'en Birol, aunque desconocía su localización.

Como consecuencia de este catálogo, en Francesc Miret menciona la cova de Can Rata en el libro 'Coves de l'Alta Garrotxa' (1999), del que es coautor junto con Martí García. Los mismos datos son reproducidos en el 'Catàleg Espeleològic de Catalunya', Vol-3 año 2009, de Jordi de Valles. En ambos casos se limitan a dejar constancia de la existencia de esta cavidad, sin añadir ningún otro dato a los aportados por Pere Vayreda.