Die ersten Nachrichten über das Gebiet stammen aus dem Jahr 1059, als Garsenda dem Kloster Santa Maria de Meià einige Weinberge in der Clua schenkte. Die Burg gehörte zum Erbe der Familie Meià. Im Jahr 1193 vermachte Guillem de Meià in seinem Testament seiner Schwester Ermessenda und deren Sohn Ramon de Cervera verschiedene Burgen, darunter die von Clua. Im Jahr 1311 schenkte Dolça de Cervera die Burg von Clua und die übrigen der Familie Meià ihrem Sohn Pere II. d'Ayerbe, der 1312 mit König Jaume II. sein gesamtes Erbe in Katalonien gegen verschiedene Burgen in Aragón tauschte. Sogleich gliederte der König sie der Krone ein. Die Burg galt als im Marquesat de Camarasa gelegen, erscheint jedoch in keinem Dokument über die von den Infanten Ferran und Martí, den Besitzern des Marquesats, abhängigen Burgen. Im Jahr 1405 hatte Ramon Picó die Burg als Lehen des Königs. Im folgenden Jahr wurde die Burg von Bernat de Cruïlles verkauft. Im Jahr 1453 war der Lehnsherr Bernat de Vilagaià, der einen Grenzkonflikt mit dem Kapitel der Seu d'Urgell hatte. Ein Nachkomme von ihm, Miquel de Vilagaià, ließ die Burg von Clua verkaufen, was Joana, wahrscheinlich seine Ehefrau, im Jahr 1505 an Pere de Rocaspana zusammen mit der gesamten Zivil- und Strafgerichtsbarkeit tat.

Zum Zeitpunkt des Verschwindens der Gerichtsherrschaften befand sich die Burg unter der Herrschaft des Adligen Gomes.

Roig i Jalpí beschreibt Mitte des 17. Jahrhunderts die Burg: En el lugar de Clua entre unas peñas, hay un castillo medio habitable.