Tot i que la veu popular atribueix l'origen del topònim a les abelles, en realitat no té res a veure amb aquests insectes himenòpters, ja que prové del llatí apiliaria que vol dir pedra plena de forats, que és precisament el que veiem abastament en aquest balmat.
Sembla que aquest racó ha estat des d'èpoques força reculades recer d'eremites, una placa col·locada en una de les parets de la cova ens explica que entre els anys 1484 i 1493 el benedictí Fra Bernat Boïl hi feu estada. Aquest va ser el primer missioner que evangelitzà Amèrica i acompanyà a Colom en el seu segon viatge al nou món.
L'any 1574 l'ermita fou beneïda pel rector de Prades, l'any 1578 s'hi afegí el campanar i a l'inici del segle XVIII s'hi feren moltes reformes, l'ermita fou bastida amb carreus de pedra vermella pròpia de l'entorn.